Fuglenes mange skønne farver skyldes pigment. Man deler pigmentfarverne op i tre hovedgrupper, som kaldes melaniner, lipochromer og porphyriner. Hvorledes disse pigmentfarver optræder i fjerene med farver som blå, violet, rød, gul, grøn o.s.v. er ikke kendt i detaljer.
Noget kunne tyde på, at fuglene er afhængige af planternes indhold af karotin. Det er såvel melaniner som lipochromer, der farver fuglenes hud, væv og skel. Den røde farve i visse fugles hudlapper skyldes dog ikke pigmentdannelse, men derimod det iltrige blodindhold.
Hvis en fugl skifter farve alt efter de forskellige årstider, kan dette farveskift fremkaldes af en fældning, således at helt andre fjer med andre farver overtager de gamles plads. Det kan også ske, at de gamle fjer bliver siddende, men at fuglen alligevel skifter farve, og en sådan oplevelse kan da være forårsaget af mange forskellige årsager.
Det almindeligste er, at fjeren langs sin kant har en særlig farve, hvis denne kant afstødes, vil fjerens øvrige dele komme til syne, og fuglen vil derved skifte farve. Farveændring kan også opstå ved, at det forhenværende pigment afbleges, men det sker aldrig ved, at der kommer en ny pigmentfarve til den, der allerede er i forvejen.
Fuglens farve er ikke alene afhængig af de enkelte farver, men lige så meget af den måde hvorpå fjerene dækker hinanden. Hvis en fugls fjer f.eks. er røde ved basis og grønne i den yderste halvdel, vil den røde farve slet ikke blive at se på fuglen, da den grønne del dækker hen over den. I de fleste tilfælde vil det være således, at kun den del af fjeren, som kan ses, er stærkt farvet, medens den dækkede del enten er svagt farvet eller farveløs.
